تعود عشيرة خفاجة في اصولها الى خفاجة بن عمرو بن كعب بن ربيعة بن عامر بن صعصعة بن معاوية بن بكر بن هوازن بن منصور بن عكرمة بن خصفة بن قيس عيلان بن مضر بن نزار ابن معد بن عدنان .
ويقال إن خفاجة اسم امرأة كان لها الكثير من الاولاد .
يقول السجل التاريخي لخفاجة إنها من القبائل العريقة في العراق . سكنت بنواحي الكوفة وتمتعت بزعامة ومكانة لمدة من الزمن . وعندما فر الحاكم بأمر الله العباسي هرباً من المغول بعد إجتياحهم لبغداد التجأ مع جماعته الى أمير خفاجة حسين بن فلاح واقام عنده مدة قبل ان يرحل الى دمشق .
لكن خفاجة ما لبثت ان تراجعت وتشتت القبيلة وتحولت الى شراذم يقاتل بعضها البعض ، وتوزعت بين القبائل الاخرى طلبا للحماية . وهو أمر معروف في خارطة العراق القبلية والعشائرية خلال تلك المدة .
كانت خفاجة من العشائر القديمة التي حطت الرحال في العراق منذ أمد بعيد . فقد جاءت مع طلائع الفتح الاسلامي للعراق وسكنت انذاك الشطرة في محافظة ذي قار وكربلاء والنجف وبغداد وديالي قبل أن تصبح محسوبة على عشائر الأجود بعد ان تشتت وتشرذمت .
من خفاجة الشاعر توبة بن الحميَر المعروف بحبه وتولهه بليلى الآخيلية ، وكذلك الشاعر أبو سعيد الخفاجي الذي سكن مدينة حلب بسوريا .